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[****]小鼠10x單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測(cè)序備案公示公告(更正)
發(fā)布時(shí)間：**** 17:20:30
采購信息
| 項(xiàng)目編號(hào) | **** | 項(xiàng)目名稱 | 小鼠10x單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測(cè)序 |
|---|---|---|---|
| 經(jīng)辦人單位 | 第一醫(yī)院（白求恩第一臨床醫(yī)學(xué)院） | 經(jīng)辦人 | 點(diǎn)擊登錄查看 |
| 預(yù)算金額 | 130000.00 人民幣 | 成交金額 | 130000.00 人民幣 |
| 成交供應(yīng)商 | 廣州基迪奧科技服務(wù)有限公司 | ||
| 聯(lián)系地址 | 廣東省-廣州市**** | 采購單位 | 點(diǎn)擊登錄查看 |
| 付款方式 | 服務(wù)完畢驗(yàn)收合格后100%付款。 | ||
| 供應(yīng)商聯(lián)系手機(jī) | **** | 服務(wù)時(shí)間 | **** 至 **** |
| 服務(wù)地址 | 廣東省-廣州市**** | ||
| 驗(yàn)收方式 | 以成交單為準(zhǔn)，參考相關(guān)內(nèi)容進(jìn)行驗(yàn)收。驗(yàn)收程序以甲方職能部門規(guī)定為準(zhǔn)。 | ||
| 售后服務(wù)要求 | 單細(xì)胞項(xiàng)目可以微信建群，包含所有的個(gè)性化，直到文章發(fā)表，根據(jù)你后續(xù)數(shù)據(jù)的實(shí)際需要，私人定制化的個(gè)性分析，直至文章發(fā)表，免費(fèi)做補(bǔ)充分析及個(gè)性化； 1.乙方應(yīng)保證項(xiàng)目如期完成，如因乙方過錯(cuò)導(dǎo)致項(xiàng)目遲延或終止時(shí)，乙方應(yīng)及時(shí)與甲方溝通，協(xié)商處理方式。如因乙方過錯(cuò)提供的項(xiàng)目成果不符合雙方約定時(shí)，乙方應(yīng)重新提供。 2.乙方應(yīng)履行以下保密義務(wù)： 1）保密內(nèi)容（包括技術(shù)信息和經(jīng)營信息)：原始資料、技術(shù)路線、試驗(yàn)報(bào)告及與試驗(yàn)有關(guān)的資料結(jié)果及價(jià)格等。 2）涉密人員范圍：參與項(xiàng)目所有人員。 3）保密期限：自合同生效日起2年。 4）泄密責(zé)任：一切責(zé)任由泄密方承擔(dān)。 3.為方便甲方測(cè)序數(shù)據(jù)的使用，乙方承諾在最終數(shù)據(jù)提供后，繼續(xù)保留數(shù)據(jù) 3個(gè)月，超過3個(gè)月，乙方不承擔(dān)保存數(shù)據(jù)的義務(wù)； 4.乙方應(yīng)當(dāng)保證其交付給甲方的研究開發(fā)成果不侵犯任何第三人的合法權(quán)益。 5.乙方不得在向甲方交付研究開發(fā)成果之前，自行將研究開發(fā)成果轉(zhuǎn)讓給第三人。 | ||
| 采購材料 | 自主采購評(píng)審報(bào)告.docx | ||
明細(xì)清單
| 采購品目 | 臨床醫(yī)學(xué)研究服務(wù) | 名稱 | 小鼠10x單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測(cè)序 |
|---|---|---|---|
| 單位 | 項(xiàng) | 數(shù)量 | 10 |
| 單價(jià) | ￥13,000.00 | 總價(jià) | ￥130,000.00 |
| 范圍/服務(wù)內(nèi)容及要求 | 1、1、服務(wù)內(nèi)容 1.1合同目標(biāo)及技術(shù)內(nèi)容 完成 10 個(gè)（小鼠)（拉丁名)細(xì)胞樣品10X genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組_____3'___（3'-V3/5')測(cè)序，每批次上機(jī) 3 個(gè)樣品，每個(gè)樣本產(chǎn)生_100__G數(shù)據(jù)，并完成相應(yīng)的信息分析。 1.2技術(shù)路線 乙方對(duì)甲方提供的 10 個(gè)細(xì)胞懸液樣品進(jìn)行檢測(cè)，樣品檢測(cè)合格后采取以下技術(shù)路線進(jìn)行10X genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：10X genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組樣品制備――上機(jī)測(cè)序――生物信息學(xué)分析。 1.3生物信息學(xué)分析內(nèi)容 標(biāo)準(zhǔn)信息分析 （需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結(jié)果) 1.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控和表達(dá)量定量 1) 測(cè)序數(shù)據(jù)基本質(zhì)控 2) 數(shù)據(jù)定量 3) 最終鑒定細(xì)胞表達(dá)量矩陣 2.細(xì)胞過濾 1) 過濾前后各樣本/分組細(xì)胞數(shù)據(jù)量統(tǒng)計(jì) 2) 過濾前后各樣本/分組細(xì)胞基本信息統(tǒng)計(jì) 3.單細(xì)胞亞群分類 1) 非正常細(xì)胞的進(jìn)一步過濾（分別對(duì)多胞和低質(zhì)量細(xì)胞進(jìn)行過濾） 2) 細(xì)胞亞群分類結(jié)果統(tǒng)計(jì) 3) 各樣本/分組在各細(xì)胞亞群細(xì)胞數(shù)量統(tǒng)計(jì) 4) 基因在各個(gè)細(xì)胞亞群表達(dá)量均值統(tǒng)計(jì) 5）各亞群相關(guān)性分析 6) 細(xì)胞與亞群對(duì)照表繪制 7) 分類結(jié)果可視化 8) 基于已知標(biāo)記基因的分類效果評(píng)估 9) 單細(xì)胞亞群鑒定 4.亞群上調(diào)表達(dá)基因分析 1) 上調(diào)表達(dá)基因篩選 2) 上調(diào)基因表達(dá)分布 3) 上調(diào)表達(dá)基因GO富集分析 4) 上調(diào)表達(dá)基因KEGG富集分析 5) 上調(diào)表達(dá)基因DO富集分析（物種限制：人） 6) 上調(diào)表達(dá)基因Reactome富集分析（部分物種） 7) 上調(diào)基因蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析 5.GSVA分析 6.轉(zhuǎn)錄因子注釋（物種必須具備參考基因組和motif序列信息） 7.膜蛋白注釋（物種必須具備蛋白序列庫） 定制化信息分析（請(qǐng)選擇需要分析內(nèi)容) 1.已知表達(dá)基因（分子marker或表面標(biāo)記物)在各亞群表達(dá)分布圖 2.樣本間差異基因分析 1) 差異基因統(tǒng)計(jì) 2) 差異基因分布分析 3) 差異基因GO富集分析 4) 差異基因KEGG富集分析 5) 差異基因DO富集分析（物種限制：人） 6) 差異基因Reactome富集分析（部分物種） 3.細(xì)胞通訊分析 1) CellphoneDB分析結(jié)果（物種限制：人、大鼠、小鼠和植物） 細(xì)胞互作分析 配受體對(duì)分析 基因集水平的細(xì)胞互作（物種限制：人、小鼠） 基因集水平的配受體對(duì)（物種限制：人、小鼠） 組間差異分析 2) CellChat分析結(jié)果（物種限制：人、小鼠、斑馬魚） 細(xì)胞互作分析 配受體對(duì)分析 信號(hào)通路水平的細(xì)胞通訊 通路相關(guān)配受體對(duì)分析 組間差異分析 4.轉(zhuǎn)錄因子分析（物種必須具備參考基因組和motif序列信息） 1) Motif富集結(jié)果 2) Regulons鑒定、活性分析、分布特征 3) Regulons差異分析、亞群上調(diào)Regulons分布 4) 轉(zhuǎn)錄因子-靶基因網(wǎng)絡(luò)互作分析 5.細(xì)胞周期分析 1) 細(xì)胞周期評(píng)估 2) 細(xì)胞周期推斷 3) 細(xì)胞周期上調(diào)基因統(tǒng)計(jì) 4) 細(xì)胞周期上調(diào)基因富集分析 6.單細(xì)胞CNV分析（限腫瘤） 1) 腫瘤細(xì)胞和正常細(xì)胞的預(yù)測(cè)（分別運(yùn)行inferCNV、copyKAT、can軟件） 2) CNV變異閾值判斷 3) 單細(xì)胞CNV關(guān)聯(lián)統(tǒng)計(jì) 4) CNV分布圖 7.RNA速率分析（指定比對(duì)的參考基因組） 1) 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì) 2) 動(dòng)態(tài)模型 3) 隨機(jī)模型 8.WGCNA分析 9.多軟件擬時(shí)整合分析 1) Monocle2 2) Monocle3 3) PAGA 4) Slingshot 5) CytoTRACE 10.單細(xì)胞微生物互作分析（需另外收費(fèi)） 1) 微生物reads統(tǒng)計(jì) 2) 微生物單細(xì)胞關(guān)聯(lián)分析 3) 微生物單細(xì)胞差異分析 2、各方工作內(nèi)容及進(jìn)度安排 2.1甲方 1.工作內(nèi)容：提供合格的細(xì)胞樣品（建議細(xì)胞活性在90%以上)，樣品要求詳見《基迪奧送樣手冊(cè)》。若寄送冰凍樣本，則詳細(xì)填寫在線送樣單。在數(shù)據(jù)建庫完成時(shí)，填寫《樣品關(guān)系單》。因樣品送樣單、樣品關(guān)系單填寫不完整或不及時(shí)發(fā)送造成的檢測(cè)錯(cuò)誤、項(xiàng)目延期等后果，均由甲方承擔(dān)。 2.工作進(jìn)度及時(shí)間安排：本合同簽訂后5個(gè)工作日內(nèi)，甲方以書面、電子郵件或其他形式提供上述技術(shù)資料。 2.2 乙方 1.乙方在完成標(biāo)記后，對(duì)cDNA樣品進(jìn)行檢測(cè)。 2.項(xiàng)目周期以樣品檢測(cè)合格，且首付款到位后開始計(jì)算。乙方需在項(xiàng)目周期內(nèi)（五一、十一等國家法定節(jié)假日不計(jì)入）完成全部測(cè)序及測(cè)序數(shù)據(jù)的處理工作并向甲方提供簡(jiǎn)化版項(xiàng)目完成報(bào)告；在收到甲方項(xiàng)目尾款后，向甲方提供所有原始測(cè)序數(shù)據(jù)、完整的項(xiàng)目分析結(jié)果和完成報(bào)告。 3.若在測(cè)序或數(shù)據(jù)處理中遇到技術(shù)障礙，乙方應(yīng)與甲方及時(shí)溝通，雙方溝通時(shí)間應(yīng)從本條第二點(diǎn)中的工作日中扣除。 4.若因樣品送樣單、樣品關(guān)系單等需要甲方提供的信息不及時(shí)發(fā)送或信息有誤所造成的耽誤時(shí)間，應(yīng)從上述第二點(diǎn)中的工作日中扣除。 5.關(guān)于上門標(biāo)記實(shí)驗(yàn)服務(wù)，廣州、南京、成都市**** | ||
信息咨詢
| 吉林大學(xué)招標(biāo)與備案(采購)管理中心 | 設(shè) 備 類：林老師: **** 工 程 類：白老師: **** 服務(wù)及其他貨物：李老師: **** |
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